Фамилия Алейкин происходит от производной формы арабского мужского имени Гали — Алейкай. В переводе на русский язык это имя означает «великий, возвышенный, высший; высокопоставленный; дорогой; мощный, сильный, могущественный». Более того, имя Гали является одним из эпитетов Аллаха. Нарекая ребёнка Алейкаем, родители, скорее всего, желали сыну стать достойным мусульманином и воплотить в себе эти высокие качества.

С точки зрения словообразования, фамилия Алейкин типична для русской модели: к основе «Алейка» (уменьшительно-ласкательная форма от Алейкай) добавился патронимический суффикс -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Алейкин, то есть сын Алейки. Такая модель широко распространена в восточнославянской ономастике, особенно в среде, где фамилии формировались от обиходных, «домашних» форм имён.

Фамилия Алейкин встречается преимущественно в регионах с исторически смешанным русско-тюркским населением — в Поволжье, Приуралье и Западной Сибири. Это неудивительно: имя Алейкай (как вариант Алей) было распространено среди татар и башкир, а после вхождения этих земель в состав Русского государства и активного межэтнического контакта многие мусульманские имена перешли в русские фамилии через крещение или бытовое общение. Так, фамилия Алейкин может указывать на то, что предок носителя был крещёным татарином или башкирином, либо происходил из семьи, где издавна соседствовали две культуры.

Интересная деталь: в старых переписных книгах XVI–XVII веков встречаются и другие однокоренные фамилии — Алеев, Алекин, Алейников. Все они восходят к тому же корню «Алей», но различаются суффиксами: -ев (от полной формы Алей), -ников (от прозвища по занятию или отчеству) и -ин (от краткой формы Алейка). Фамилия Алейкин — самая «домашняя» из них, она прямо указывает на обиходное имя предка, а не на официальное или прозвищное.