Фамилия Алейкина в своей основе восходит к арабскому мужскому имени Гали (Али), которое переводится как «великий», «возвышенный», «могущественный». В мусульманской традиции это имя — один из эпитетов Аллаха, поэтому, называя сына Гали, родители желали ему стать достойным, сильным и уважаемым человеком. Однако фамилия образована не напрямую от Гали, а от его производной, уменьшительно-ласкательной формы — Алейкай. Такие «усечённые» или адаптированные на русской почве варианты имён были распространены в татарской и башкирской среде, где к основе имени добавляли тюркский аффикс -кай/-кей.

Суффикс -ин в фамилии Алейкина указывает на принадлежность: «чей?» — Алейкин, то есть сын или потомок Алейкая. Модель образования типична для русских фамилий, но в данном случае основа — заимствованное имя, что говорит о межкультурном взаимодействии: фамилия могла появиться у крещёных татар, мишарей или представителей других тюркских народов, перешедших в православие. В документах XIX века встречаются варианты написания «Алейкин» и «Алейкина» — без удвоения и с конечным -а в женской форме, которая закрепилась как неизменяемая.

Географически фамилия чаще всего фиксируется в Поволжье — в Татарстане, Башкортостане, Самарской и Ульяновской областях. Это подтверждает её связь с регионом, где веками соседствовали славянские и тюркские языки. Редкость фамилии — в том, что она сохранила неканоническую, народную форму имени, а не книжный вариант «Алиев» или «Алееев». Окончательно определить, к какому сословию принадлежали первые носители (служилые татары, крестьяне или купцы), можно только по конкретным генеалогическим записям, но сама модель образования указывает на достаточно раннюю фиксацию — не позднее XVII–XVIII веков.