Фамилия Агейкина — одна из тех, что образована от «домашней», обиходной формы церковного имени. В основе лежит каноническое мужское имя Аггей (в переводе с древнееврейского — «торжественный», «праздничный»). На Руси это имя было нередким, но в быту его почти всегда сокращали и переделывали на свой лад: Агей, Агуня, Агиш и, наконец, Агейка. Именно от формы Агейка с помощью суффикса -ин и возникла фамилия Агейкина. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Агейкин», то есть сын, потомок Агейки.

Имя Аггей — церковное, его носил один из ветхозаветных пророков. Именины у Аггея по православному календарю дважды в году: 22 марта и 29 декабря. Однако в повседневной жизни имя встречалось не столько в духовенстве, сколько среди простых людей. Скорее всего, основатель рода Агейкиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды — именно там уменьшительные имена (Агейка, Егорка, Петька) чаще всего становились основой для фамилий.

Модель образования фамилии — «имя + -ин» — одна из самых распространённых в северных и центральных регионах России. Поэтому, хотя фамилия Агейкина встречается не повсеместно, её географическая привязка может указывать на север или среднюю полосу. Написание с буквой «г» (Агейкин, а не Агеев) — дополнительная деталь: оно сохранило именно ту уменьшительную форму, которая не перешла в более привычную патронимическую модель на -ов.