Фамилия Агей — одна из тех русских фамилий, которые напрямую произошли от церковного имени, минуя суффиксальное оформление. В её основе лежит каноническое мужское имя Аггей, которое пришло на Русь вместе с христианством. Древнееврейское значение этого имени — «торжественный», «праздничный», «веселящийся» — намекает на то, что его давали ребёнку, которого ждали с радостью, или в память о каком-то светлом событии.

Интересно, что фамилия Агей сохранила именно народную, обиходную форму имени, а не полную церковную (Аггей). На Руси имя Аггей часто «обкатывали» в быту, создавая множество уменьшительных вариантов: Агиш, Агуш, Огиш и, наконец, Агей. Последний и закрепился в качестве фамилии, что типично для так называемых «полуотчеств» — когда фамилия совпадает с разговорной формой имени. В отличие от фамилий на -ов (Агеев) или -ин (Агеин), форма Агей — редкая, она не указывает напрямую на принадлежность («чей сын?»), а просто называет человека по имени.

Имя Аггей — церковное, и его именины приходятся на 22 марта и 29 декабря. Скорее всего, предок носителя фамилии Агей был крещён в один из этих дней или же его родители выбрали это имя из-за его «праздничного» значения. В дореволюционной России фамилия без суффикса чаще встречалась в простонародной, крестьянской или мещанской среде, а также у старообрядцев, которые иногда сохраняли архаичные формы именования.