Фамилия Алейнер является фонетическим вариантом фамилии Олейнер, возникшим под влиянием «акающих» говоров. Фамилия образована от прозвища Олейнер (Алейнер), образованного по западноевропейской модели с помощью суффикса «ер». Прозвище восходит к существительному «олiя». В переводе с украинского это слово означает «растительное масло». Поэтому можно предположить, что основатель рода Алейнер изготавливал растительное масло или продавал его.