Фамилия Аликеевы образована от мужского имени Аликей. В основе этого имени лежит тюркский корень, и исследователи связывают его появление с выходцами из Золотой Орды, печенегами или половцами, чьи имена и прозвища в XV–XVII веках постепенно входили в русскую бытовую и документальную среду. Само имя Аликей, скорее всего, диалектный вариант более известного имени Аликул, что означает «раб Али» (Али — одно из имён Аллаха в исламе). Есть и другая версия: разобрать имя как сочетание «Али» и тюркского «кёй» (деревня, село). В таком случае Аликей могло означать «деревня Али» или «принадлежащий к селению Али». Обе гипотезы имеют право на существование, но первая — через антропонимическую модель «раб такого-то» — встречается в тюркских именах чаще.

Фамилия строится по стандартной русской модели: к основе Алике(й) добавляется фамильный суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Аликея). Такая схема характерна для фамилий, которые фиксировались у русских дворян и служилых людей нерусского происхождения. В XV–XVII веках многие представители ордынской знати переходили на службу к московским князьям, получали поместья и записывались в родословные книги. Именно этот исторический контекст объясняет, почему восточное по корням имя Аликей дало русскую фамилию с типичным славянским окончанием.

Фамилия Аликеевы — нечастая, и её носители, вероятно, вели род от одного предка, носившего имя Аликей. В документах она встречается в разных написаниях, но суффикс -ев остаётся устойчивым. Это не массовая крестьянская фамилия, а скорее след индивидуальной семейной истории, уходящей в эпоху, когда граница между «своим» и «чужим» в российской знати была очень условной.