Фамилия Аликеева образована от личного имени Аликей. Скорее всего, это диалектная форма тюркского имени Аликул, которое означает «раб Али» (имеется в виду зять пророка Мухаммеда). Однако существует и другая версия: имя могли сложить из двух частей — «Али» и тюркского «кёй» (деревня, село). В этом случае имя Аликей переводится как «деревня Али», то есть указывает на место рождения или проживания.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Аликей добавили типичный для русского языка суффикс принадлежности -ев и окончание -а. Так фамилии оформляли в среде, где тюркские имена адаптировали к русской грамматике. Поскольку имя Аликей — мужское, фамилия Аликеева — женская форма, а мужская будет Аликеев.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически жили тюркские народы: это Поволжье, Приуралье, Северный Кавказ. Встречается она и у татар, и у башкир, и у народов Дагестана. Точное сословие предков определить без генеалогического поиска сложно: носителями могли быть и крестьяне, и служилые люди, и духовенство. Окончательный ответ о месте и времени возникновения рода дадут только архивные исследования.