Фамилия Алищева — женская форма, и её происхождение логичнее всего проследить через мужской вариант Алищев, который хранит ключ к основе. В основе лежит имя или прозвище Алищ — народная, диалектная форма крестильного имени Алексей. Путь преобразования типичен для русских говоров: через уменьшительные Аля, Алёша, Алёшка имя могло дать форму Алёща, а затем Алищ. Подобные фонетические переходы со стяжением и смягчением — не редкость, особенно в северных и поволжских говорах, где фиксируются и родственные фамилии Алещев, Алёщев.

Существует и вторая, менее надёжная версия: связь с диалектным словом «алища» или «алище», которое в отдельных местностях якобы означало «неуклюжий человек» или «обжора». Однако эта гипотеза опирается на шаткую основу: авторитетные диалектные словари такое слово как устойчивое не фиксируют, а значит, строить на нём объяснение фамилии рискованно.

Модель образования проста и прозрачна: суффикс -ев (после мягкого согласного он выступает как фонетический вариант -ов) указывает на принадлежность — «сын Алища». Это стандартная патронимическая модель, самая массовая в русских фамилиях.

География фамилии подтверждает версию об основе «Алексей». Носители Алищевых традиционно встречаются в центральных и северных областях России: Тверской, Ярославской, Вологодской губерниях, а также в Поволжье. Именно в этих краях имя Алексей было чрезвычайно популярно, и его производных форм — великое множество.

Социальный состав предков, скорее всего, — крестьяне или посадские люди. Фамилия не несёт признаков дворянского или купеческого происхождения: образована от просторечной, обиходной формы имени, без книжных суффиксов вроде -ский или -ич. В документах XVII–XVIII веков Алищевы и Алёщевы могли писаться как варианты одного корня, и разграничить их по записям порой непросто.