Фамилия Алискерова образована от азербайджанского мужского имени Алискер. Это имя — местный вариант арабского Алиасгар, которое переводится как «Али младший». Имя Али в арабском языке означает «высокий, возвышенный, человек высокого звания, высокого достоинства». Его носил четвертый калиф мусульман, двоюродный брат пророка Мухаммеда.

Мы имеем дело с патронимической фамилией: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»). Таким образом, Алискерова — это дочь или жена человека по имени Алискер. В русской традиции фамилия закрепилась в женской форме, что типично для многих народов Кавказа и Закавказья, где фамилии проходили через русскую паспортную систему. Мужской вариант — Алискеров.

Процесс формирования фамилий был длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Алискеровых можно лишь на основании генеалогических исследований. Однако ясно, что корни фамилии ведут в Азербайджан или регионы с сильным азербайджанским влиянием. В отличие от русских крестьянских фамилий, массово закреплявшихся после отмены крепостного права, у мусульманских народов фамилии в современном виде часто появлялись в конце XIX — начале XX века, при документальном оформлении подданства Российской империи.