Фамилия Алькешев — пример относительно редкой модели образования, где тюркское имя-основа соединилась с русским патронимическим суффиксом -ев. В отличие от массовых фамилий на -ов, здесь суффикс стоит после шипящего «ш», что указывает на адаптацию иноязычной основы к русской грамматике: в исходном виде имя заканчивалось на согласный, поэтому прибавили -ев, а не -ин.

В основе лежит мужское личное имя Алькеш. Это сложное тюркское имя, состоящее из двух частей: «аль» (ал, алып) — «герой, богатырь, великан» или «алый, красный», и «кеш» (кеше, киши) — «человек, мужчина». Таким образом, Алькеш могло означать «богатырь-человек» или «красный человек» (в значении «видный, красивый»). В татарской и башкирской ономастике подобные двухосновные имена с компонентом «алып» (батыр, герой) встречаются нередко, например, Алыпбай, Алыпбирде. Имя Алькеш фиксируется в метрических книгах и ревизских сказках Поволжья и Приуралья, особенно среди татар-мишарей и башкир.

Фамилия Алькешев, скорее всего, сложилась в среде крещёных татар или в русско-тюркском пограничье, где инородное имя требовало русификации для включения в сословную структуру Российской империи. Суффикс -ев превращал имя отца в наследственное родовое прозвание: «чей?» — Алькешев, то есть сын (или потомок) Алькеша. Географически фамилия тяготеет к Оренбургской, Челябинской областям и Башкортостану — регионам, где веками жили башкиры и татары, а с XVIII века активно селились русские, украинцы и мордва.

Спорных версий у фамилии практически нет, так как корень «алькеш» прозрачен для тюркских языков. Попытки связать её с арабским «аль-каш» (открыватель) или с еврейским «Элькеш» (от Элиша) не выдерживают критики: в русских документах фамилия последовательно пишется через «а» и «ш», а не через «э» или «щ», и встречается именно в тюркоязычной среде. Социальный контекст прост: предки Алькешевых, скорее всего, были государственными или ясачными крестьянами, служилыми татарами или башкирскими вотчинниками, получившими фамилию при переписях XIX века.