Фамилия Алля образована от аналогичного имени - варианта тюркского мужского имени Алла, которое, вероятнее всего является краткой формой имени Аладдин. Имя Аладдин образовано от арабского слова «аллах» («бог») и тюркского «дин» («религия, вера»). Компонент «аллах» («алла») входит в состав многих восточных имен, поэтому не исключено, что именование Алля является уменьшительной формой имен, в состав которых входит компонент «алла» («аллах»). Связь именования Алля с именем Алла представляется менее вероятной, поскольку фамилии, образованные от женского имени, относительно редки. Такие фамилии возникали, когда женщина становилась главой семьи в случае вдовства, тяжелой болезни мужа или во время его отсутствия дома и т.п. Происхождение имени Алла достоверно не известно. Некоторые исследователи считают это имя женским вариантом имени Аллах. Согласно другим версиям оно восходит к имени доисламской арабской богини Аллат. Возможно и греческое происхождение этого имени: согласно этой гипотезе, имя Алла в переводе с греческого означает «другая».