Фамилия Альмусин — редкий случай, когда основа, скорее всего, не славянская, а арабская или тюркская, адаптированная русским суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — «Альмусин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Альмуса.

Само слово «Альмуса» или «Аль-Муса» восходит к арабскому имени Муса (библейский Моисей). Артикль «аль» в арабском языке означает определённость, поэтому Аль-Муса переводится как «тот самый Муса» или просто «Муса». В тюркских языках, испытавших сильное влияние ислама, это имя тоже было распространено. Таким образом, Альмусин — это «Мусин», но с сохранением артикля в начале, что типично для фамилий, возникших в среде татар, башкир или других народов, исповедующих ислам, но живущих в русскоязычном окружении.

Менее вероятна, но возможна связь с арабским словом «алим» (учёный, знающий), но фонетический переход «алим» → «альмус» неочевиден. Версия с именем Муса проще и логичнее: русские писцы, записывая татарское имя «Альмуса», воспринимали его целиком, а затем по правилам русского языка добавили фамильный суффикс -ин.

Географически фамилия могла закрепиться в Поволжье, Приуралье или в среде касимовских татар, где такие арабо-тюркские имена с артиклем были не редкостью. Социально предки Альмусиных — скорее всего, служилые татары, торговцы или крестьяне, перешедшие в русское сословие и получившие фамилию по имени отца.