Фамилия Алпеис — редчайший случай в русском ономастиконе. В ней нет ни одного привычного фамильного суффикса: ни -ов, ни -ин, ни -ский. Она застыла в той форме, в какой её записали при первом документировании — скорее всего, это не переоформленное, а «сырое» прозвище или этноним, попавшее в русскую среду из тюркских языков.

Скорее всего, основа восходит к тюркскому мужскому имени Алп (Alp), что значит «богатырь», «герой», «отважный». Вторая часть — -еис — может быть искажённым окончанием имени (например, Алп-Ер, «богатырь-мужчина») или местным диалектным вариантом. Встречаются фамилии Алпеев, Алпаев, но форма Алпеис стоит особняком: окончание на -ис характерно для некоторых фамилий греческого или румынского происхождения, но здесь, скорее, сыграла роль особенность записи тюркского звучания русскими писарями.

География фамилии крайне узкая. По данным открытых источников, основная масса носителей сосредоточена в Северном Казахстане и прилегающих областях России (Оренбургская, Челябинская). Это указывает на казачье или крестьянское происхождение: предки могли быть оренбургскими или сибирскими казаками, впитавшими тюркские прозвища от соседних народов. Сословно — почти наверняка не дворяне: фамилия не фиксируется в родословных книгах Российской империи.

Разобрать фамилию дальше по корням мешает её редкость: нет устойчивой традиции, как её склонять или толковать. Но именно эта «недоделанность» — самая ценная деталь. Фамилия Алпеис — не продукт русской модели словообразования, а живой след межэтнического контакта, где личное прозвище «богатырь» не получило стандартного суффикса и дошло до нас почти в первозданном виде.