Фамилия Альпеисов звучит необычно для русского уха, но её происхождение укладывается в понятную и типичную для тюркских фамилий схему. Она образована по стандартной русской модели: к основе прибавляется суффикс -ов, который в России, Украине и Беларуси указывает на принадлежность роду («чей?»). В данном случае — «сын Альпеиса».

Основа фамилии — личное имя Альпеис. Это сложное имя, которое состоит из двух частей: «альп» (в тюркских языках — «богатырь», «герой», «отважный воин») и «Ис» (сокращенная форма от «Иса», то есть Иисус в исламской традиции, или от арабского «ис» — «спасение»). Таким образом, наиболее вероятное значение имени Альпеис — «богатырь Исы» или «герой, данный спасением». Имя имеет отчетливый мусульманский оттенок и распространено в среде казахов, башкир, татар и других тюркоязычных народов.

По суффиксу и способу образования фамилия Альпеисов — классическая «русская калька» с тюркского отчества. В XIX — начале XX века, при проведении переписей и выдаче паспортов, русские чиновники часто записывали фамилии, добавляя окончание -ов к имени отца. Поэтому предок носителя этой фамилии, скорее всего, был человеком по имени Альпеис, а его дети стали Альпеисовыми. Сам по себе суффикс не указывает на сословие: такую фамилию мог получить и крестьянин, и кочевник-скотовод, и купец.

Географически фамилия Альпеисов почти наверняка привязана к Казахстану и прилегающим регионам России (Оренбургская, Астраханская области, Башкортостан). Встречаемость её в других регионах, скорее всего, связана с миграциями XX века.

В отличие от многих фамилий, где спорят о значении корня, здесь всё прозрачно: редкое, но точно тюркское имя с героическим оттенком плюс русский фамильный формант. Никакой альтернативной славянской или финно-угорской версии у этой фамилии нет — это чисто тюркско-русский гибрид, каких сотни тысяч на карте бывшей империи.