Фамилия Альпиисов — редкая и неочевидная для русского уха, хотя её окончание -ов выдает принадлежность к классической русской патронимической модели: «чей?» — Альпиисов, то есть потомок человека по имени или прозвищу Альпиис. Но вот с основой всё сложнее: в русском языке нет ни слова «альпиис», ни имени «Альпий» в привычном святцевом списке. Значит, корень иноязычный, и скорее всего, его стоит искать в тюркских или кавказских языках.

Самая правдоподобная версия ведет к тюркскому имени Алп (Alp), что значит «богатырь», «храбрец», «герой». В татарской, башкирской, карачаево-балкарской и кумыкской ономастике это слово часто входит в состав сложных имён: Алп-Арслан, Алп-Темир, Алп-Кара. Форма «Альпиис» могла возникнуть как стяжение от Алп-Ис или Алп-Иса — то есть «богатырь Иса» или «богатырь, подобный Исе». Иса — это арабская форма имени Иисус, уважаемого в исламе пророка. В тюркской среде имя Алп-Иса или Алп-Ис было вполне возможным прозвищем, которое при русификации через суффикс -ов превратилось в Альпиисов.

Есть и более экзотическая гипотеза: связь с греческим словом αλπικός (alipikós) — «альпийский», но она маловероятна. Фамилии на -ов от географических названий в горах (вроде Альп) в России практически не встречаются, а если бы и встречались, то звучали бы как Альпов или Альпинский. Суффикс -исов не характерен для таких образований.

Таким образом, носитель фамилии Альпиисов, скорее всего, происходит из тюркоязычной среды — татар, башкир, кумыков или ногайцев. Его предок носил имя-прозвище, которое в переводе означало «богатырь Иса» или просто «богатырь», а при оформлении в русскую фамилию утратило внутреннюю форму и стало звучать как Альпиисов. Встречаемость фамилии крайне низкая, что подтверждает её локальное происхождение: возможно, она бытовала в одной-двух деревнях на Урале или в Поволжье, откуда и разошлась по миру.