Фамилия Алпеев образована от личного имени Алпей, и у этого имени есть два объяснения — одно лежит на поверхности, другое требует лингвистической экскурсии.

Наиболее прямое и очевидное толкование ведёт к восточным корням. Имя Алпей восходит к таджикскому слову «алп» — «богатырь, герой; сильный, смелый». В тюркских языках «алп» — это и воин, и эпитет для храбреца. Родители, называя так сына, желали ему вырасти здоровым, крепким и мужественным. Фамилия с таким корнем — не редкость в Поволжье и на Урале, где веками соседствовали русские и тюркские народы, и эта версия выглядит самой правдоподобной.

Вторая версия — более сложная, но тоже имеет право на существование. Согласно ей, Алпей — это просторечная, народная форма крестильного имени Евпатий. Греческое Εὐπάτιος означает «чувствительный» или «благородного происхождения». В русском языке имя претерпело цепочку фонетических изменений: начальный «е» сначала перешёл в «о» (Олпатий), а затем в «акающих» говорах — в «а» (Алпатий). Параллельно согласный «в» перед глухим «п» превратился в «л». Так из Евпатия возник Алпатий, а его сокращённая форма — Алпей.

Какой бы корень ни был верным — тюркский «богатырь» или греческий «чувствительный», — модель образования фамилии одна и та же: суффикс -ев присоединился к основе Алпей, указывая на принадлежность («чей?» — сын Алпея). В русской ономастике это стандартный патроним, который закрепился как фамилия. Форма на -ев, а не на -ов, объясняется тем, что основа оканчивается на мягкий согласный «й».