Фамилия Алпер — одна из тех, чьё происхождение не лежит на поверхности, и её объяснение требует обращения к европейской истории имён и миграций. В основе, скорее всего, лежит не прозвище и не профессия, а личное имя, которое со временем трансформировалось и сократилось.

Наиболее вероятная версия связывает Алпер с немецким фонетическим вариантом французского мужского имени Альбертен (фр. Albertin). Само имя восходит к двум древнегерманским основам: adal — «благородный, знатный» и berht — «яркий, известный, знаменитый». Таким образом, имя Альбертен несло в себе значение «известный своим благородством» или «знатный и знаменитый». В немецкой среде это имя могло потерять окончание, превратившись в более короткую и удобную форму Альпер, которая и закрепилась как фамилия.

Существует и альтернативная гипотеза, указывающая на возможное еврейское происхождение. Согласно этой версии, фамилия восходит к прозвищу Хальперт, которое давали выходцам из города Хайльбронн в Вюртемберге. В таком случае Алпер могло возникнуть как упрощённый вариант этого топонимического прозвища.

Менее убедительной выглядит версия о связи с испанским топонимом Альпера (Alpera) — муниципалитетом в провинции Альбасете, входящим в автономное сообщество Кастилия — Ла-Манча. Географическая и языковая дистанция делает эту гипотезу наименее вероятной, хотя полностью исключать её нельзя.

Словообразовательная модель здесь проста: фамилия образована напрямую от имени или прозвища без добавления типичных славянских суффиксов (-ов, -ин, -ский), что указывает на её западноевропейские корни. Встречается она преимущественно в среде потомков немецких переселенцев или в еврейских семьях, где могла быть русифицирована. Точных данных о сословной принадлежности первых носителей нет, но, учитывая происхождение от имени со значением «знатный», можно предположить, что предки не относились к низшим слоям общества.