Фамилия Алперин — один из тех случаев, когда внешне славянский облик обманчив. Суффикс -ин в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность: «чей?» — сын такого-то. Но в данном случае основа не славянская, а ашкеназская, и суффикс играет иную роль. Алперин — это адаптированный вариант фамилии Альперин (Alperin), которая восходит к названию немецкого города Ален (Aalen) в земле Баден-Вюртемберг. В ашкеназской традиции многие фамилии образованы от топонимов: человек, переехавший из Алена, получал прозвание «Аленер», которое со временем трансформировалось в «Альперин». Форма «Алперин» — результат приспособления к русской фонетике, где мягкий знак и сочетание «ль» упростились до твёрдого «л». Встречаются также написания Альперин, Альперович, Алпер.

В Российской империи фамилия была распространена в черте оседлости — на территории современных Украины, Беларуси и Польши. Носители часто были ремесленниками, торговцами или аптекарями, но никакой сословной привязки у фамилии нет: она просто указывала на географическое происхождение предка. Суффикс -ин здесь играет не патронимическую, а грамматическую роль. В русском языке так удобнее склонять иноязычную основу: если бы фамилия осталась в исходной форме «Алпер», она бы не склонялась, а с -ин получила привычную модель (Алперин — Алперина — Алперину). В отличие от крестьянских русских фамилий на -ин, которые образовывались от имени отца (Иван — Иванов — Иванин), Алперин — это готовое прозвище по месту, ставшее фамилией при переходе на фамильную систему в XIX веке. Это типичный пример, когда фамилия говорит не о профессии или характере предка, а о маршруте его семьи — из конкретного немецкого города в восточноевропейский штетл.

Спорных версий происхождения немного. Иногда Алперина пытаются связать с ивритским словом «альпер» (якобы «богатырь»), но это народная этимология без документальных подтверждений. Надёжнее всего — топонимическая версия, подкреплённая массовыми данными о переселениях еврейского населения в XVIII–XIX веках.