Фамилия Алперина — женская форма фамилии Алперин, построенная по русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: Алперин означает «сын или потомок Алпера». В основе лежит имя или прозвище Алпер, которое само по себе редко встречается в современных русских антропонимиконах, но имеет прозрачную тюркскую этимологию. Суффикс -ин здесь работает классически: от основы Алпер образовали притяжательное прилагательное, а затем и фамилию, отвечающую на вопрос «чей?».

Корень «алп» в тюркских языках означает «богатырь», «храбрец», «герой». В древнетюркских памятниках слово alp — один из ключевых эпитетов воина и правителя. Имя Алпер (или Алпыр) могло быть как личным именем, так и прозвищем, которое давали сильному или отважному человеку. Формант -ер в тюркских именах часто выступает усилителем (ср. Алп-Арслан — «храбрый лев»), так что Алпер буквально значит «настоящий богатырь» или «мужественный муж». Это не просто красивая гипотеза: в ономастике тюркские композиты с элементом alp хорошо задокументированы, например, в работах В. Никонова по антропонимии Поволжья.

Скорее всего, фамилия Алперин (и её женская форма Алперина) имеет восточное происхождение и могла возникнуть в среде татар, башкир или других тюркских народов, а затем закрепиться у русских через межэтнические браки или переход в православие. Встречается она преимущественно в Поволжье и на Урале — в регионах, где столетиями соседствовали русские и тюркские общины. Б. Унбегаун в своём словаре русских фамилий относит подобные образования на -ин от тюркских основ к типичным для юго-восточной части России — это не массовая модель, но устойчивая в зонах этнического контакта.

Мужская форма — Алперин — нередко фиксировалась в купеческих и мещанских сословиях XIX века, но массовым распространением фамилия не отличалась. Это редкая, локальная фамилия, и её носители — потомки людей, чьё прозвище или имя когда-то звучало как Алпер. Если сравнивать с однокоренными фамилиями вроде Алпатов (от имени Алпат) или Алпысов, то Алперин выделяется именно своей прозрачной конструкцией «корень-усилитель», что делает этимологию почти буквальной.