Фамилия Альперина — женская форма от Альперин, и её разбор стоит начать с суффикса -ин. В русской модели фамилий этот суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — «Альперин», то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Альпера. Основа Альпер- почти наверняка восходит к еврейскому мужскому имени Альпер (вариант Алипер) — диалектной форме библейского имени Элиэзер («Бог мой помощник»). В ашкеназской среде имена часто сокращали или меняли под влиянием идиша, и Альпер — один из таких сокращённых вариантов, закрепившийся как самостоятельное имя.

Фамилия Альперин (и её женская форма Альперина) — типично еврейская, распространённая среди ашкеназов Восточной Европы, особенно на территории бывшей черты оседлости: в Беларуси, Украине, Польше, Литве. В Российской империи такие фамилии часто фиксировали при переписях и в метрических книгах именно с окончанием -ин, что соответствовало русской патронимической модели. В отличие от фамилий на -ович или -ский, -ин здесь не указывает на славянское происхождение, а просто адаптирует еврейскую основу к русской грамматике.

Встречается также версия, что Альперин могло образоваться от названия профессии или места. Например, от идишского «альпер» — скотовод, пастух (ср. немецкое Alp — альпийское пастбище). Но эта гипотеза слабее: в ашкеназской ономастике патронимы по личным именам встречаются в разы чаще, чем профессиональные прозвища, а имя Альпер документально засвидетельствовано. Кроме того, в словаре Александра Бейдера «A Dictionary of Ashkenazic Given Names» Альпер указан как самостоятельное имя, а не прозвище.

Географически фамилия Альперин не привязана к одному региону — её носители рассеяны по всему миру после эмиграции конца XIX — начала XX века. В России и странах бывшего СССР она сохранилась в основном в еврейских семьях, а за рубежом (США, Израиль, Германия) часто писалась без изменений. Мужская форма Альперин встречается чаще, женская Альперина — результат склонения по падежам в русском языке, где фамилии на согласный образуют женский вариант с -а.