Фамилия Альперина — это не самостоятельная фамилия, а женская форма от мужской Альперин. В русской языковой среде её «прочитали» по привычной модели: суффикс -ин указывает на принадлежность, отвечая на вопрос «чей?». То есть Альперина буквально означает «жена или дочь Альперина». Такой способ образования типичен для славянских фамилий, но здесь он приложился к иноязычной основе.

Основа Альпер- почти наверняка восходит к еврейскому мужскому имени Альпер (диалектный вариант Алипер). Это сокращённая форма библейского имени Элиэзер, которое переводится как «Бог мой помощник». В ашкеназской среде, особенно в Восточной Европе, длинные библейские имена часто укорачивали под влиянием языка идиш, и Альпер закрепился как самостоятельное имя, от которого затем и пошла фамилия.

Фамилия Альперин (и её женский вариант) — типично еврейская, распространённая среди ашкеназов на территории бывшей черты оседлости: в Беларуси, Украине, Польше, Литве. В документах Российской империи — метрических книгах и переписях — такие фамилии фиксировали с окончанием -ин, подгоняя под русскую патронимическую модель. Здесь -ин не говорит о славянском происхождении, а лишь адаптирует еврейскую основу к местной грамматике.

Иногда выдвигают версию, что Альперин могло произойти от названия профессии: от идишского «альпер» — скотовод или пастух (сравните с немецким Alp — альпийское пастбище). Но эта гипотеза слабая. В ашкеназской ономастике фамилии от личных имён встречаются в разы чаще, чем от профессиональных прозвищ, а имя Альпер документально засвидетельствовано, например, в словаре Александра Бейдера «A Dictionary of Ashkenazic Given Names».

Географически фамилия не привязана к одному региону. После массовой эмиграции конца XIX — начала XX века носители Альперин и Альперина рассеяны по всему миру. В России и странах бывшего СССР она сохранилась в еврейских семьях, а за рубежом (США, Израиль, Германия) часто писалась без изменений. Мужская форма встречается чаще, женская — результат склонения по падежам в русском языке, где фамилии на согласный образуют женский вариант с -а.