Фамилия Аллер — редкий для России пример фамилии, которая почти наверняка не славянского, а немецкого происхождения. В русском языке она звучит как заимствованная, и это верное впечатление: её корни уходят в немецкоязычные земли.

Модель образования здесь прозрачна. Немецкая фамилия Aller чаще всего восходит к топониму — реке Аллер (Aller) в Нижней Саксонии. Человек, живший на её берегах или переселившийся оттуда, получал прозвище по месту жительства. В немецкой ономастике такие «топонимические» фамилии на -er (как Berliner, Hamburger) обычны: Aller буквально означает «с Аллера» или «живущий на Аллере». Это первая и самая вероятная версия.

Вторая возможность — прозвище от средневерхненемецкого слова aller, что означало «всё» или «каждый». В таком случае фамилия могла закрепиться за человеком с характерной привычкой или профессией (например, сборщик податей или торговец, имевший дело со «всем подряд»). Эта версия менее распространена, но лингвистически допустима.

В России фамилия Аллер встречается в основном среди потомков немецких колонистов, приглашённых Екатериной II в XVIII–XIX веках. Немцы селились компактно в Поволжье, Новороссии, под Петербургом, и фамилии вроде Аллер фиксировались в метрических книгах лютеранских приходов. Со временем часть носителей обрусела, но фамилия сохранила исходное написание без русификации окончания (не Аллеров, не Аллерский). Это характерная черта: если бы фамилия адаптировалась по русской модели, она получила бы суффикс -ов, но этого не произошло, что подтверждает её позднее и иноязычное происхождение.

Сравнение с другими фамилиями: однокоренные Аллерман (Allermann — «человек с Аллера») или Аллерс (Allers — патроним от Аллер) встречаются ещё реже, но подтверждают ту же топонимическую основу. В русском контексте фамилия Аллер стоит особняком — у неё нет славянских параллелей, и её носители, скорее всего, потомки именно тех немецких переселенцев, чья фамилия закрепилась за ними без изменений.