Фамилия Амангильдина — женская форма от мужской Амангильдин. Её основа — тюркское составное имя Амангильды, которое складывается из двух корней: «аман» (с башкирского, татарского, казахского — «целый», «невредимый», «здоровый», а также «безопасность») и «гильды» (форма прошедшего времени от глагола «кил» — «пришёл», «прибыл»). Полное имя означает «пришёл невредимым» или «благополучно вернулся». Это типичное имя-пожелание: его давали ребёнку, родившемуся после долгого отсутствия отца дома, после опасного путешествия или в трудный для семьи период. В этом главная уникальность фамилии среди десятков других с корнем «аман»: её основа — не характеристика человека, а целый сюжет, событие возвращения домой живым.

Модель образования простая и характерная для тюркских народов России: к личному имени Амангильды добавили русский патронимический суффикс -ин, который указывает на принадлежность («чей?» — Амангильдин). Женская форма Амангильдина — естественное грамматическое изменение по роду. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются у русских, -ин — самый распространённый суффикс для русифицированных тюркских фамилий, потому что он легко присоединяется к основам, оканчивающимся на согласный или -а/-я. В дореволюционных записях попадаются варианты написания: Амангельдин, Аман-Гильдин и даже Амангильдеев — последнее говорит о попытке адаптировать имя через другой суффикс, но именно форма на -ин закрепилась как основная.

Географически фамилия плотнее всего привязана к Башкортостану, Татарстану и Оренбургской области. В башкирской ономастике имя Амангильды встречается повсеместно, и многие носители фамилии — потомки башкирских и татарских родов, получивших русскую фамилию в XVIII–XIX веках при переписях и введении обязательных паспортов. С социальной точки зрения носители фамилии в массе своей не принадлежали к дворянству или духовенству. Это фамилия крестьян, казаков (в Оренбургском казачьем войске служило немало башкир и татар) и мещан. Никаких данных о древнем княжеском или мурзинском происхождении у неё нет — это честная фамилия, образованная от обычного личного имени, без приставок и дворянских приставок.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Амангильдина стоит в одном ряду с Амантаевым (от «аман» + «тай» — жеребёнок), Аманбаевым (богатый, целый) и Амансапаровым (чистый, здоровый). Но именно Амангильдина выделяется тем, что её основа — не постоянное свойство, а событийное имя, которое запоминается своей конкретикой и ясным смыслом.