Фамилия Амангильдина — женская форма от мужской Амангильдин, а та, в свою очередь, восходит к тюркскому составному имени Амангильды. В основе лежат два корня: «аман» (в переводе с башкирского, татарского, казахского — «целый», «невредимый», «здоровый», а также «безопасность») и «гильды» (форма прошедшего времени от глагола «кил» — «пришёл», «прибыл»). Полное имя означает «пришёл невредимым» или «благополучно вернулся». Это типичное имя-пожелание, которое давали ребёнку, родившемуся после долгого отсутствия отца дома, после опасного путешествия или в трудный для семьи период.

Модель образования фамилии простая и характерная для тюркских народов России: к личному имени Амангильды добавили русский патронимический суффикс -ин, который указывает на принадлежность («чей?» — Амангильдин). Женская форма Амангильдина — естественное грамматическое изменение по роду. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются у русских, -ин — самый распространённый суффикс для русифицированных тюркских фамилий, потому что он легко присоединяется к основам, оканчивающимся на согласный или -а/-я.

Географически фамилия Амангильдина плотнее всего привязана к Башкортостану, Татарстану и Оренбургской области. В башкирской ономастике имя Амангильды встречается повсеместно, и многие носители фамилии — потомки башкирских и татарских родов, получивших русскую фамилию в XVIII–XIX веках при переписях и введении обязательных паспортов. Интересно, что в дореволюционных записях можно встретить варианты написания: Амангельдин, Аман-Гильдин и даже Амангильдеев — последнее говорит о попытке адаптировать имя через другой суффикс, но именно форма на -ин закрепилась как основная.

С социальной точки зрения носители фамилии Амангильдина в массе своей не принадлежали к дворянству или духовенству. Это фамилия крестьян, казаков (в Оренбургском казачьем войске служило немало башкир и татар) и мещан. Никаких данных о древнем княжеском или мурзинском происхождении у неё нет — это честная фамилия, образованная от обычного личного имени, без приставок и дворянских приставок.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Амангильдина стоит в одном ряду с Амантаевым (от «аман» + «тай» — жеребёнок), Аманбаевым (богатый, целый) и Амансапаровым (чистый, здоровый). Но именно Амангильдина выделяется тем, что её основа — не характеристика человека, а сюжет, событие: возвращение домой живым. В этом её уникальность среди десятков фамилий с корнем «аман».