Фамилия Амергалинова — женская форма, и чтобы понять её, нужно сперва разобрать мужской вариант Амергалинов. Это типичная тюркская фамилия с арабским корнем, которая образовалась по простой и распространённой модели: к личному имени добавили русский патронимический суффикс -ов. Так в XIX–XX веках российская администрация адаптировала имена казахов, татар и башкир при переписях и паспортизации.

В основе лежит составное арабское имя Амергали (встречаются варианты Амиргали, Эмиргали). Оно склеено из двух корней: «Амер» (или «Амир» — «повелитель, князь, начальник») и «Гали» (от арабского «али» — «высокий, возвышенный, великий»; это ещё и один из эпитетов Аллаха, а также имя халифа Али). В сумме имя означает «великий повелитель» или «повелитель, который возвышен». У мусульманских народов такие двухосновные имена с частью «Али» были в ходу — они несли религиозный смысл и отсылали к четвёртому праведному халифу.

Географически фамилия Амергалинова привязана к местам, где исторически жили тюркоязычные мусульмане: Западный Казахстан, Оренбургская, Астраханская, Самарская области, а также южный Урал и Башкортостан. В документах фамилия, скорее всего, фиксируется с конца XIX века.

Отдельного внимания заслуживает начальное «А». В татарской и башкирской среде имя могло звучать как «Әмиргали» — с мягким «Ә». Но при записи в официальных бумагах часто закрепляли вариант с твёрдым «А», как в арабском оригинале. Так что написание Амергалинова — более книжное, арабизированное, а не диалектное.

Носители фамилии — потомки людей, получивших имя Амергали. Само имя не указывает на ремесло или сословие, но говорит о религиозной традиции в семье. В среде казахских и татарских крестьян и скотоводов такие имена давали, желая ребёнку силы и божественного покровительства, без привязки к знатному происхождению. Фамилия не аристократическая, а народная, массовая.