Фамилия Амилакий — редкая, даже уникальная для русской ономастики. Её происхождение неочевидно, и сразу бросается в глаза нехарактерное окончание. В русских фамилиях суффиксы -ов/-ев, -ин, -ский, -их/-ых встречаются постоянно, а вот -ий — типичная черта фамилий семинарского или искусственного происхождения, которые давали в духовных училищах и академиях. Чаще всего их образовывали от греческих, латинских или церковнославянских слов, переделывая их на лад прилагательного. Амилакий, скорее всего, попадает в эту группу.

Основа фамилии — «амилак» — напрямую отсылает к греческому «амилакс» (ἄμπελος), что значит «виноградная лоза» или «виноград». В среде духовенства такие фамилии давали по церковным праздникам, по названиям икон или по символическим образам. «Амилакий» мог означать «виноградный» или «относящийся к виноградной лозе» — символу Христа и евхаристии. В этом случае фамилию могли получить выпускники семинарий, отличавшиеся благочестием или происходившие из мест, связанных с виноделием, но чаще всего — просто по принципу благозвучного греческого корня.

Есть и другая версия, менее распространённая, но заслуживающая внимания. В некоторых южнославянских говорах слово «амилак» или «хамилак» могло быть искажением тюркского «амил» (чиновник, сборщик податей) или арабского «амиль» (правитель, наместник). Однако для русской фамилии такой путь маловероятен: окончание -ий и отсутствие фамилий с похожей тюркской основой в тех же краях говорят против этой гипотезы.

Географически фамилия Амилакий встречается крайне редко, в основном на юге России и в бывших малороссийских губерниях, где было сильно влияние греческой культуры и где семинарские фамилии приживались особенно хорошо. В дореволюционных справочниках и метрических книгах она почти не фиксируется, что подтверждает её элитарный, книжный характер: её носители, вероятно, были потомками священно- и церковнослужителей, получивших фамилию при поступлении в училище.

Таким образом, Амилакий — это не прозвище по ремеслу или внешности, а искусственная фамилия-символ, созданная в духовной среде. Её носитель, скорее всего, происходил из семьи священника или дьячка, а сама фамилия напоминает о виноградной лозе как о библейском образе. Других версий, объясняющих её появление из крестьянского или дворянского быта, нет — слишком уж необычна её форма для простонародья.