Фамилия Аммаев — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка указывает на этническое происхождение, а не на русскую модель прозвища. В русском языке суффикс -ев стандартно образует притяжательные фамилии от основ на -а или -я, но корень «Амма» для великорусских земель нехарактерен. С высокой вероятностью это фамилия тюркского или кавказского происхождения, адаптированная русской грамматикой.

Наиболее очевидная версия связывает фамилию с кумыкским или ногайским мужским именем Аммай (Амма). В тюркских языках это имя, скорее всего, восходит к арабскому «амма» — «дядя по отцу», либо является сокращением от сложных имен вроде Амма-хан. В таком случае Аммаев означает «потомок Аммая» или «сын Аммы». Фамилия распространена в Дагестане, особенно среди кумыков, и встречается в Чечне и Ингушетии. Форма на -ев, а не на -ов, говорит о том, что основа оканчивалась на мягкий согласный или гласный «а» — это типично для русификации нерусских имен.

Есть и более спорная, но возможная версия: связь с арабским словом «амма» в значении «общий, всеобщий», которое могло стать прозвищем для человека, занимавшегося общественными делами или сбором податей. Однако в ономастике такая прямая связь редка, и версия с личным именем выглядит убедительнее.

В русских архивных документах фамилия фиксируется поздно — в основном с конца XIX — начала XX века, когда начался массовый учет нерусского населения. Это объясняет ее отсутствие в классических словарях русских фамилий вроде словаря Унбегауна. Носители фамилии — это в первую очередь потомки горцев, получивших фамилию при записи в метрические книги или при советской паспортизации.