Фамилия Аммон — редкий случай в русском ономастиконе, где за простой формой скрывается неожиданное происхождение. Вопреки возможной догадке, корень здесь не связан с аммиаком или химией. Самая вероятная версия — фамилия восходит к библейскому имени Аммон (Амон), которое носил один из сыновей израильского царя Иосии, а также древнеегипетский бог солнца Амон. В русской традиции это имя могло попасть в обиход через святцы: память святого Аммона (Амона) Александрийского почитается в православии. Отсюда — фамилия, образованная по простейшей модели: имя Аммон без добавочных суффиксов, то есть «чистая» форма, что для русских фамилий редкость.

Обычно русские фамилии оформлялись суффиксами принадлежности (-ов, -ев, -ин), но здесь мы видим так называемую «неоформленную» фамилию, которая закрепилась в виде прямого имени. Такое встречается в среде духовенства (например, фамилии Георгий, Герман) или у выходцев из других культур, где фамилии могли быть калькой с личного имени. В случае с Аммон, скорее всего, предок был либо священнослужителем, получившим фамилию при семинарском образовании, либо человеком, чей отец носил редкое каноническое имя Аммон. Второй вариант — географический: фамилия могла возникнуть у немцев Поволжья или прибалтийских немцев, где фамилия Ammon встречается как топонимическая (от реки Аммон или названия местности). Но в русском контексте библейская версия убедительнее.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Амонов, Амонин — показывает, что суффиксальные варианты встречаются чаще, но Аммон сохранил архаичную форму, что говорит о возможной ранней фиксации или о сознательном выборе при оформлении документов. В дореволюционных справочниках фамилия Аммон встречается в основном в южных и центральных губерниях, но массового распространения не получила. Сегодня это редкая фамилия, носители которой могут проследить связь либо с церковной традицией, либо с немецкими корнями — разобраться поможет семейное предание или архивные записи о вероисповедании предков.