Фамилия Амон неоднозначна по происхождению, и у нее есть как минимум две серьезные версии, лежащие в разных культурных плоскостях. Первая и наиболее вероятная для европейского контекста — латинская. В этом случае фамилия образована от прилагательного amoenus, что значит «прелестный, восхитительный». Либо от причастия amans — «любящий». Такое прозвище могло закрепиться за человеком с мягким, приятным нравом или влюбчивым характером. Это типичная модель, когда внешняя или внутренняя черта предка становилась его фамильным именем.

Вторая версия отсылает к истории Древнего Египта. Амон — верховное божество, покровитель Фив, который после возвышения этого города при Среднем царстве стал общегосударственным богом, а затем слился с Ра в образе Амона-Ра. Фамилия могла возникнуть как прозвище, данное человеку, которого сравнивали с божеством — возможно, за величественность, силу или даже за внешнее сходство с изображениями. Однако эта гипотеза менее правдоподобна для русской традиции: прямое заимствование имени языческого бога в качестве фамильной основы — случай редкий и скорее книжный, чем народный.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Амон стоит особняком. В ней нет типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский), которые превращают прозвище в фамилию. Это указывает на то, что перед нами либо фамилия в «чистом» виде, без русификации (например, немецкая или французская по происхождению), либо она была записана по документам без изменений. Встречается она в основном у людей, чьи предки могли иметь западноевропейские корни или принадлежали к духовенству, где были распространены семинарские фамилии на латинской основе. География бытования фамилии в России широка, но нигде не образует плотных гнезд, что подтверждает ее нерусское происхождение.