Фамилия Ананников — редкий случай, когда один суффикс тянет за собой целую историю. На первый взгляд, перед нами типичная русская фамилия на -ов, образованная от имени или прозвища. Но суффикс -ник- в основе выбивается из ряда. Если бы фамилия звучала как Ананин или Ананьев, всё было бы прозрачно: от канонического имени Ананий (в бытовой форме Ананя). Но -ник- указывает на нечто другое.

Скорее всего, Ананников — это фамилия, образованная от прозвища человека, которого называли Ананник. В русских говорах слово «ананник» могло означать того, кто постоянно ахает, охает или говорит «а?» — то есть человека рассеянного, медлительного или глуховатого. Подобные прозвища по характерной привычке или манере речи — распространённый тип в русской ономастике: Охапкин, Ахметов, Нуйкин. Суффикс -ник в таком случае придаёт прозвищу оттенок постоянного свойства: не просто «тот, кто сказал "ан"», а «тот, кто всегда так говорит».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «ананник» как названием растения или предмета, но в доступных словарях русских говоров такое значение не фиксируется. Зато встречается фамилия Анаников (без двойного н), и её носители могли происходить из разных регионов: от Пскова до Сибири. Двойное н в Ананникове, скорее всего, результат орфографической случайности или влияния фамилий на -ников (как Плотников, Свечников), где суффикс -ник- был частью профессии.

Таким образом, Ананников — не географическая и не сословная фамилия, а прозвищная, и её носитель в XVI–XVII веках, вероятно, получил своё прозвание за манеру переспрашивать или говорить с характерным «а». Фамилия редкая, в списках массовых не значится, что делает её особенно ценной для семейной истории — такие прозвища редко давали «по шаблону».