Фамилия Ананиковы, как и большинство русских фамилий, — это отчество, перешедшее в наследство. Её основа — мужское имя Ананий, которое пришло на Русь с христианством. Имя это древнееврейского происхождения и, по распространённому толкованию, означает «отмеченный милостью Божией». Однако в повседневном обиходе полная церковная форма была неудобна, и её сокращали. Так и появилась уменьшительная форма — Ананик. Именно от неё, по правилам русской словообразовательной модели, через суффикс -ов и возникла фамилия: Ананик → Анаников. Буквально она означает «сын (или потомок) Ананика».

Интересно, что фамилия Ананиковы, хоть и редкая, но не единичная. Она входит в небольшое гнездо родственных фамилий, образованных от того же корня: Ананьев, Ананин, Ананичев. Разница в суффиксах (-ев, -ин, -ичев) часто указывает на разные диалектные традиции или на то, как именно звали предка в быту. Например, если предка звали просто Ананя, а не Ананик, то и фамилия получилась бы Ананьев. Таким образом, по суффиксу -ик в основе можно предположить, что в роду Ананиковых когда-то был человек, которого ласково или запросто называли именно Анаником.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно — процесс становления фамилий на Руси растянулся на несколько столетий, с XV по XVII век. Однако, учитывая, что фамилия образована от канонического, а не от мирского имени, её носители, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, а не духовенством (у священников фамилии часто образовывали от названий церквей или праздников). Фамилия Ананиковы — живое свидетельство того, как простонародная речь адаптировала книжные имена, превращая их в узнаваемые родовые прозвища.