Фамилия Ананикос стоит особняком в русском ономастиконе: она не вписывается в привычные модели на -ов, -ин или -ский. Её основа и окончание выдают греческое происхождение. Суффикс -ос — типичный для новогреческих фамилий, указывающий на прямое заимствование или на принадлежность носителя к греческой диаспоре, которая веками жила на юге России, в Приазовье и Крыму.

Корень фамилии восходит к греческому имени Ананикос (Ανάνικος), которое, в свою очередь, является уменьшительной или обиходной формой от канонического имени Иоанн (Ιωάννης). В греческой традиции переделка имён через суффиксы -икос, -акос, -идис — обычное дело. Таким образом, Ананикос буквально означает «маленький Яннис» или «Яннис-сын», то есть указывает на потомка человека по имени Ананикос.

Географически фамилия редкая, но не случайная. В России и на Украине её носители концентрируются в местах исторического проживания греков: Мариуполь, Таганрог, Краснодарский край. Многие из них — потомки переселенцев из Крыма и с Балкан, бежавших от турецкого владычества в XVIII–XIX веках. Предки современных Ананикос могли быть ремесленниками, торговцами или рыбаками, но сама фамилия не несёт профессионального оттенка — она чисто патронимическая, то есть образована от имени отца.

Встречаются варианты написания: Ананикос, Ананико, Ананикоз. Последний — результат русификации окончания, когда -с заменили на -з по аналогии с фамилиями вроде Козлов. Но исходная форма с -ос сохраняет память о греческом языке, где фамилии часто застывают в именительном падеже единственного числа.