Фамилия Андрухина — женская форма мужской фамилии Андрухин, и её происхождение ведёт в XV–XVI века, когда на Руси активно формировались отчества и фамилии по патронимическому принципу. Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Андруха. Это разговорная форма от крестильного имени Андрей (греч. «мужественный, храбрый»), но с характерным просторечным суффиксом -ух(а). Такие формы были типичны для бытового общения: Андрюха, Андруха — то же, что и Ванюха, Петруха. Суффикс -ин в окончании указывает на принадлежность: «чей?» — «Андрухин», то есть сын или потомок Андрухи.

Если смотреть на словообразовательную модель, Андрухина — типичная «матронимическая» по форме, но не по сути: в русской традиции фамилии на -ин образовывались от основ на -а/-я, и здесь это имя отца, а не матери. Интересно, что фамилия не получила распространения на юге России или Украине, где чаще встречается Андрущенко или Андрухович. Андрухины — это более северная, великорусская линия, зафиксированная в основном в центральных и поволжских областях. В документах XVII века можно встретить упоминания крестьян и посадских людей с таким прозвищем, но без указания на знатное происхождение — фамилия явно шла из низовых слоёв, от крестьян и ремесленников.

Особенность фамилии — её относительная редкость. В отличие от массовых Андреевых или Андрияновых, Андрухины сохранили более архаичную и «домашнюю» форму имени-основы. Это не калька с греческого, а живое русское прозвище, которое могло закрепиться за человеком, выделявшимся характером или внешностью, но чаще — по отцу, которого звали просто Андруха. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они были из крестьянской или мещанской среды, и корень уходит в эпоху, когда имя Андрей ещё не было «барином», а звучало по-соседски.