Фамилия Андрухина — женская форма мужской фамилии Андрухин, и её происхождение уходит в XV–XVI века, когда на Руси активно формировались отчества и фамилии по патронимическому принципу. В основе лежит прозвище или неканоническое имя Андруха — разговорная, просторечная форма крестильного имени Андрей (от греческого «мужественный, храбрый»). Характерный суффикс -ух(а) делал имя «домашним», бытовым: Андрюха, Андруха — в одном ряду с Ванюхой, Петрухой, Митюхой. Такие формы были типичны для повседневного общения и часто закреплялись за человеком в качестве уличного прозвища, а затем и фамилии.

Суффикс -ин в окончании указывает на принадлежность: «чей?» — «Андрухин», то есть сын или потомок Андрухи. Хотя по форме фамилия напоминает матронимическую (от женского имени), здесь она образована строго по отцу: в русской традиции фамилии на -ин давались от основ на -а/-я, и это имя отца, а не матери. Андрухина — типичный образец патронимической модели, где суффикс принадлежности присоединяется к разговорному варианту имени.

География фамилии показательна. Андрухины — это великорусская, северная линия, зафиксированная в основном в центральных и поволжских областях. На юге России или Украине фамилия не получила распространения — там чаще встречаются Андрущенко или Андрухович. В документах XVII века упоминаются крестьяне и посадские люди с таким прозвищем, но без указания на знатное происхождение: фамилия шла из низовых слоёв, от крестьян и ремесленников. Это не калька с греческого канона, а живое русское прозвище, которое могло закрепиться за человеком по отцу, которого в быту звали просто Андруха.

Особенность фамилии — её относительная редкость. В отличие от массовых Андреевых или Андрияновых, Андрухины сохранили более архаичную и «домашнюю» форму имени-основы. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они происходили из крестьянской или мещанской среды, и корень уходит в эпоху, когда имя Андрей ещё не было «барином», а звучало по-соседски, по-уличному.