Фамилия Анифатов — один из тех случаев, когда с первого взгляда понятна основа, но за ней скрывается неочевидный путь. Вопреки ожиданиям, корень здесь не греческий и не латинский, а церковнославянский, связанный с крестильным именем.

В основе лежит имя Онисим (от греческого «онисимос» — полезный). В народной русской традиции оно претерпело сильное сокращение и упрощение: начальное «О» отпало, а «н» перед «и» перешло в «н'» (мягкое), что на письме передалось как Ани́с. От этой формы образовалось просторечное Анифат — через добавление суффикса -ат, который в русских говорах придавал имени оттенок простонародности или ласкательности (сравните: Матвей — Матвеят, Иван — Иванят). Затем притяжательный суффикс -ов добавил значение «сын Анифата», то есть потомок человека, которого в быту звали Анифат.

Интересно, что церковная форма имени — Онисим, а в святцах есть и мученик Онисим, и апостол Онисим. Но в крестьянской среде, где фамилии закреплялись в XVIII–XIX веках, имя часто звучало как Анисим, а его производные — Анис, Анифат — были обычным делом. Таким образом, Анифатов означает «внук (или сын) Анифата», а сам Анифат — это «маленький Онисим» или «Онисим из простонародья».

С географической точки зрения фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям. Встречается в архивных записях по Воронежской, Тамбовской, Курской губерниям — регионам, где было сильно влияние местных говоров с аканьем (произношение «Анисим» вместо «Онисим»). Встречается и вариант Анисимов — он более распространён и образован от полной формы имени. Анифатов же — редкая, «усечённая» ветвь, которая говорит о том, что предки носителя, скорее всего, были крестьянами или мещанами, не чуждыми народной языковой переработке церковных имён.

С точки зрения словообразования, модель «имя на -ат + -ов» не самая частая для русских фамилий (обычнее -ов/-ев напрямую к имени). Но именно эта редкость и делает Анифатова интересным примером того, как живой народный язык «перекроил» книжное имя, создав уникальную фамилию. Никакой связи с анифатом как профессией или прозвищем нет — это чисто патронимическая фамилия от личного имени.