Фамилия Алифатов не сразу бросается в глаза своей историей, но за ней стоит несколько неожиданных версий. Самая вероятная связывает её с крестильным именем Алипий, которое в переводе с греческого означает «беспечальный». Путь от Алипия до Алифатова оказался не прямолинейным: имя прошло через промежуточные формы Алипат и Алифат, а затем, как это часто бывало в русской традиции, к основе добавился типичный фамильный суффикс -ов, указывающий на принадлежность: «сын Алифата». Покровителями этого имени считаются несколько святых — мученик Алипий, преподобный Алипий-иконописец Печерский и преподобный Алипий Столпник.

Однако есть и другая гипотеза, менее очевидная для русского уха, но не менее интересная. Согласно ей, фамилия восходит к таджикскому имени Алиф, точнее — к его диалектному варианту Алифат. Само имя Алиф образовано от названия первой буквы арабского алфавита, которая обозначает долгий звук «а». В буквальном переводе это имя значит «ручной; друг, товарищ», а в переносном смысле — «богатый человек». Если принять эту версию, то основатель рода Алифатовых мог быть человеком состоятельным или просто носил имя, которое в его культуре ассоциировалось с достатком и дружелюбием.

Разные корни — христианский и восточный — не противоречат друг другу. В многонациональной среде, где пересекались традиции и языки, фамилия могла возникнуть независимо в разных семьях. Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на патроним, то есть на происхождение от отца по имени Алифат. При этом сама основа фамилии редкая: в русском ономастиконе нет другой распространённой фамилии, образованной от такого же корня, что делает Алифатовых носителями необычного родового имени.