Основой фамилии Алипатов послужило церковное имя Алипат. Мужское крестильное имя Алипат (или Алипий) в переводе с греческого означает «беспечальный». Покровителями этого имени являются мученик Алипий; преподобный Алипий, иконописец Печерский; преподобный Алипий столпник. Согласно другой гипотезе, фамилия Алипатов образована от прозвища Алипат. Оно ведет свое начало от украинского глагола «олiпити», что в переводе на русский язык означает «облеплять». В древности таким прозвищем нередко нарекали человека, занимающегося изготовлением глиняной посуды, то есть гончара. Соответственно, прозвище относится к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности основателя фамилии. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Алипат, со временем получил фамилию Алипатов.