Фамилия Алипенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая указывает на происхождение от отца или предка по мужской линии. Суффикс -енко, распространённый в основном на Левобережной и Южной Украине, буквально означал «маленький», «сын такого-то», и со временем закрепился как наследственная фамилия. В основе лежит имя или прозвище Алип.

Самое правдоподобное объяснение основы — от канонического крестильного имени Алипий (в русской традиции — Алимпий, Олимпий). Это имя греческого происхождения, связанное с Олимпом — горой богов, то есть «небесный», «олимпийский». В народной речи имя сократилось до формы Алип, а затем к нему добавился украинский патронимический суффикс. Таким образом, Алипенко — это «сын Алипа», то есть потомок человека, носившего имя Алипий.

Реже, но возможно, что в основе лежит мирское прозвище Алип, которое могло иметь диалектное или тюркское происхождение. В южнорусских говорах слово «алипый» иногда означало «неуклюжий», «нескладный», но это значение не получило широкого распространения в ономастике. Более надёжной версией остаётся связь с церковным именем.

Географически фамилия Алипенко тяготеет к Украине, особенно к её восточным и центральным областям — Сумской, Полтавской, Черкасской. В России фамилия встречается реже, в основном в регионах, граничащих с Украиной, или среди потомков переселенцев из Малороссии.

Словообразовательная модель проста: основа Алип- + суффикс -енко. Ударение, как правило, падает на второй слог: Алипе́нко. Среди однокоренных фамилий — Алипенков (русифицированная форма с добавлением -ов), Алипов, Алипин. Все они восходят к одному источнику — имени Алипий или его производным.