Фамилия Алипенко построена по типичной украинской модели с суффиксом -енко, который исторически означал «сын» или «потомок». Это один из самых распространённых патронимических суффиксов на Левобережной и Южной Украине, где он со временем закрепился как наследственное родовое имя. Основа фамилии — Алип.

Надёжнее всего возводить эту основу к каноническому крестильному имени Алипий (в русской традиции — Алимпий, Олимпий). Имя греческое, связано с горой Олимп, то есть означает «небесный», «олимпийский». В народной речи оно сократилось до формы Алип — так звали отца, а его сын становился Алипенко. Иначе говоря, фамилия буквально значит «сын Алипа», то есть потомка человека по имени Алипий.

Реже основу объясняют мирским прозвищем Алип, которое могло иметь диалектное или тюркское происхождение. В южнорусских говорах встречалось слово «алипый» в значении «неуклюжий», «нескладный», но эта версия не получила серьёзной поддержки в ономастике и уступает по убедительности связи с церковным именем.

Географически фамилия тяготеет к восточным и центральным областям Украины — Сумской, Полтавской, Черкасской. В России она встречается реже, в основном в регионах, граничащих с Украиной, или среди потомков переселенцев из Малороссии.

Словообразовательная модель проста: основа Алип- плюс суффикс -енко. Ударение обычно падает на второй слог: Алипе́нко. Однокоренные фамилии — Алипенков (русифицированная форма с добавлением -ов), Алипов, Алипин — все они восходят к одному источнику: имени Алипий или его производным.