Фамилия Алипина — одна из тех, что образована от полной формы крестильного имени, но с неочевидной на первый взгляд основой. В её основе лежит мужское каноническое имя Алипий, которое пришло в русский язык из греческого (Ἀλύπιος) и означает «беспечальный», «не знающий заботы». В святцах почитается несколько святых с этим именем, самый известный на Руси — преподобный Алипий Печерский, киевский иконописец XI века. От имени Алипий через притяжательный суффикс -ин (отвечающий на вопрос «чей?») и образовалась фамилия Алипин, а её женская форма — Алипина.

Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность к отцу или главе семьи: Алипина — дочь или жена человека по имени Алипий. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин так же распространены, как на -ов на юге. В отличие от фамилий на -ский, которые часто носили дворяне или духовенство, Алипина — фамилия крестьянская, посадская или мещанская. Она не даёт сословной привилегии, но чётко говорит о том, что предок носителя был назван церковным именем Алипий, а не его уменьшительной формой.

Само имя Алипий никогда не было массовым. В святцах оно встречается, но в быту его чаще заменяли на более привычные Липат, Липан или вовсе путали с Олимпием. Поэтому фамилия Алипина — редкая, очаговая. Встречается она в основном в старообрядческих регионах — на Русском Севере, в Поморье, а также в некоторых районах Вологодской и Архангельской областей, где придерживались строгого именослова и не заменяли редкие имена на ходовые. Если носитель фамилии из этих мест, есть высокая вероятность, что его предки были староверами, сохранившими имя Алипий в крестьянском обиходе.

С точки зрения словообразования фамилия стоит особняком. В русском языке много фамилий на -ин от имён на -а или -я (Ильин, Никитин), но Алипий даёт основу, оканчивающуюся на -ий, что для суффикса -ин редкость. Обычно такие имена переходили в фамилии через усечение (Алипов — от Алип, как Архипов от Архип), но здесь сохранилась полная форма, что говорит о книжном, грамотном происхождении записи. Вероятно, фамилия фиксировалась через церковные метрики, где имя записывали строго по святцам, а не на слух.

Есть и альтернативная, менее правдоподобная версия: связь с греческим словом «алипейный» — относящийся к маслу, елею. Но она не выдерживает критики: в русской ономастике нет примеров, когда прозвище по маслу давало бы фамилию с суффиксом -ин. Гораздо логичнее считать Алипину фамилией-патронимом, возникшей в среде, где имя Алипий произносили без редукции — как в церковной службе.