Фамилия Алипьев — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием скрывается нерусская основа. Если отбросить фамильный суффикс -ев (вариант -ов после мягкой основы), остаётся корень Алипь-. Он указывает на имя Алипий — церковную форму греческого имени Олимпий. В крещении так называли в честь святого Алипия Столпника, жившего в VII веке в Византии. В русском обиходе имя Алипий встречалось редко, чаще в монашеской среде, но в крестьянской и мещанской среде могло бытовать как полное имя, от которого и пошла фамилия.

Однако здесь есть интересный поворот. В документах XVI–XVII веков встречается прозвище Алип, напрямую связанное с тем же именем, но уже в усечённой, народной форме. В ономастиконе Степана Веселовского зафиксирован, например, крестьянин Алип из новгородских земель. Фамилия Алипьев могла образоваться не от полного церковного имени, а именно от такого прозвища — через притяжательное прилагательное («чей?» — Алипьев). Это объясняет, почему суффикс -ев, а не -ин: основа оканчивается на согласный, но не на -а/-я.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России. В переписях XIX века Алипьевы встречаются в Вологодской, Костромской и Вятской губерниях — там, где старообрядчество и архаичные формы имён держались дольше. В южных и западных губерниях фамилия почти не фиксируется.

Сословный состав носителей — в основном государственные крестьяне и мещане. Дворянских родов с такой фамилией нет, что подтверждает её «низовое» происхождение: от крестильного имени, которое в народе переделали на свой лад. Интересно, что в некоторых говорах имя Алипий звучало как Олип, отсюда же фамилия Олипьев — редкий, но встречающийся вариант того же корня. Так что Алипьев — это не искажение, а самостоятельная ветвь, сохранившая начальное «а-» под влиянием акающего произношения.