Фамилия Алипин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не прозвище, а церковное каноническое имя, причём в его полной, а не обиходной форме. Исходное имя — Алипий. Так звали нескольких раннехристианских святых, в том числе преподобного Алипия Печерского, киевского иконописца XI века, и столпника Алипия Адрианопольского. В русской традиции имя Алипий всегда было редким, встречалось в основном в монашеской среде, поэтому и фамилия Алипин — штучная, нераспространённая.

Модель образования проста: к основе имени Алипий добавили притяжательный суффикс -ин, который в русском языке указывал на принадлежность — «чей?» — «Алипин сын», то есть сын человека по имени Алипий. Такая модель типична для фамилий, образованных от имён, оканчивающихся на -а или -ий. Алипин — значит «потомок Алипия». Ударение, скорее всего, падает на второй слог: АлИпин, хотя в устной речи возможны колебания.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где было сильно церковное влияние и сохранялась память о местных святых. Поскольку Алипий Печерский — один из самых почитаемых Алипиев на Руси, логично предположить, что Алипины чаще встречались на территориях, исторически связанных с Киевской митрополией и монастырями: в Малороссии, на юге России, а также в старообрядческих общинах, где старые календарные имена держались дольше. Однако точных статистических данных по этой фамилии нет, она остаётся крайне малочисленной.

Стоит отметить, что фамилия Алипин не имеет ничего общего с греческим словом «алип» (беззаботный) или с какими-либо ремёслами. Это чисто патронимическая фамилия, и её редкость — прямое отражение редкости исходного имени. В дореволюционных справочниках её почти не фиксируют; в советское время имя Алипий практически вышло из обихода, так что носители фамилии Алипин — это, как правило, потомки людей, сохранивших церковное имя в крестьянской или духовной среде в XIX веке. Если вы встретили Алипина, перед вами почти наверняка потомок человека, носившего редкое монашеское имя, а не прозвище или профессию.