Фамилия Аникиенко — один из ярких примеров того, как церковное имя на пути в быт обрастало местными суффиксами и меняло звучание. Её основа — мужское крестильное имя Иоанникий, которое в переводе с греческого означает «победа». К XVIII–XIX векам длинное и неудобное для повседневной речи Иоанникий упростилось до форм Аникей или Аникий — так имя приспособилось к русскому произношению и словоизменению.

Сама фамилия построена по типичной украинской модели: к основе Аники(й) добавили суффикс -енко. В украинской ономастике этот суффикс — один из самых распространённых, он указывал на потомка или принадлежность: Аникиенко буквально значит «сын Аникия» или «из рода Аникеев». Такие фамилии массово закреплялись в казацкой среде Левобережной и Слободской Украины в XVII–XVIII веках, поэтому предки носителей фамилии скорее всего были выходцами из этих регионов.

Интересно, что в русских говорах имя Аникей тоже встречалось, но там от него образовывали фамилии с суффиксами -ов, -ев или -ин (Аникеев, Аникин). Форма же на -енко — маркер именно украинского происхождения. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, Аникиенко стоит в одном ряду с Анищенко, Аничёнком или Онищенко — все они восходят к разным народным вариантам того же имени Иоанникий, но каждый по-своему преломил его через местную фонетику.

Споров вокруг этимологии почти нет: версия с крестильным именем надёжна и подтверждается словообразовательной логикой. Альтернативные гипотезы (например, связь с редким прозвищем от слова «аника» в значении «задира» или «бедолага») слабее, так как не объясняют суффикс -енко и массовость фамилии в украинских документах.