Фамилия Аниперко звучит необычно для русского уха, и это сразу указывает на её географическое происхождение. Она образована по типичной украинской или белорусской модели с суффиксом -ко. В восточнославянской ономастике такие фамилии (на -енко, -ук, -чук, -ко) в основном фиксируют принадлежность к роду или указывают на сына: буквально «маленький», «потомок» или просто «сын такого-то».

Основа здесь — Анипер. Это разговорная, народная форма крестильного имени Онисим (в церковном звучании — Онисим, от греческого Onesimos, что значит «полезный»). В быту имя упрощалось: Онисим превращался в Анисим, а далее, через замену «с» на «п» (явление довольно редкое, но встречающееся в диалектах), возник вариант Анипер. Такое искажение могло закрепиться в конкретной местности из-за особенностей говора или просто как случайная ошибка писаря, которая прижилась.

Таким образом, Аниперко — это «сын Анипера», то есть потомок человека по имени Онисим. Носитель фамилии, скорее всего, происходил из крестьянской или казацкой среды на территории современной Украины или юго-западной Беларуси, где такие патронимические фамилии на -ко были массовым явлением.

В отличие от фамилий с суффиксом -ов/-ев, которые указывали на принадлежность отцу (например, Аниперов — «чей?»), форма Аниперко сразу называла человека по отцу в уменьшительно-родственном ключе. Это не прозвище по ремеслу или черте характера, а чисто родовая метка. Если искать аналоги, то фамилии вроде Анискевич или Анищенко имеют ту же основу (имя Онисим), но с другими суффиксами, а Аниперко — один из самых редких и локальных вариантов.

Встречается фамилия в основном в Черниговской, Сумской областях Украины и прилегающих районах России. В дореволюционных документах могла записываться двояко: через «и» или «ы» (Аныперко), что не меняет сути.