Фамилия Аниперов — один из тех случаев, когда написание сильно расходится с тем, что слышится на слух. Если отбросить привычный «акающий» выговор, становится ясно, что в основе лежит имя Онисим или Онисифор. В разговорной речи эти греческие имена, пришедшие на Русь вместе с христианством, часто сокращали до формы Анипер, а в некоторых говорах — до Онипер или Анисим. Именно от этой обиходной, «усечённой» версии и пошла фамилия.

Модель образования здесь простейшая: Анипер + стандартный патронимический суффикс -ов. То есть Аниперов буквально означает «сын Анипера». Такая модель — самая массовая в русской фамильной системе, но её ценность для этимолога в том, что она чётко указывает на имя, которое в официальных документах могло писаться иначе. В метрических книгах предка могли записать как Онисима, а в быту звать Анипером — и в итоге фамилия закрепилась именно за народным вариантом.

Имя Онисим (греч. Onesimos — «полезный», «исполнительный») и Онисифор («приносящий пользу») давали в крестьянской и мещанской среде довольно часто. Поэтому Аниперовы — это почти наверняка потомки людей, которых в XVI–XVII веках звали именно так. Встречаются и родственные фамилии — Онисимов, Анисимов, Аниперов, Ониперов, Анисифоров. Аниперов стоит в этом ряду особняком: он показывает не просто сокращение, а стяжение, при котором из имени выпал целый слог.

Географически фамилия редкая. Основные очаги её бытования — южнорусские и поволжские области, где «аканье» в речи было особенно сильным и где народные формы имён охотно вытесняли книжные. Встретить Аниперова можно в Воронежской, Тамбовской, Саратовской губерниях, а также у казаков. В дворянских родословных книгах эта фамилия не зафиксирована — её носителями были крестьяне, мещане, однодворцы.

Споров вокруг этимологии почти нет, хотя иногда пытаются вывести Аниперова от тюркского или финно-угорского корня. Такие версии не выдерживают критики: слишком очевидна связь с каноническим именем, а словообразовательная цепочка «Онисим → Анипер → Аниперов» прослеживается по документам XVII–XVIII веков. Других правдоподобных объяснений у фамилии нет.