Фамилия Анисеров — тот случай, когда основа прозрачна, а вот суффикс заставляет присмотреться внимательнее. В её основе лежит имя Анисер, народная, разговорная форма крестильного имени Онисифор (в церковной традиции — Онисим, Онисифор). Имя греческого происхождения, означает «полезный», «приносящий пользу». В русском быту оно обросло множеством уменьшительных вариантов: Анисим, Анис, Анися, Анисер. Последний звучит как нечто среднее между Анисимом и Елисеем, но это именно самостоятельная производная форма.

Обычно от разговорных форм на -а, -я образовывали фамилии на -ин (Анисин, Анисьин), а здесь — на -ов. Суффикс -ов указывает на типичную патронимическую модель: Анисеров — «сын Анисера». То, что фамилия образована от полного прозвищного имени, а не от уменьшительного, встречается реже. Это может говорить о более позднем оформлении фамилии или о влиянии северных говоров, где -ов был универсальным патронимическим суффиксом, вытеснявшим -ин.

В дореволюционных источниках фамилия встречается спорадически, преимущественно в центральных губерниях России — Рязанской, Тамбовской, Владимирской. Носители — в основном крестьяне и мещане, потомки людей, которых в быту звали Анисером, то есть Онисифором. Никакого особого сословного статуса фамилия не несёт.

Любопытная деталь: фамилия могла писаться и как Анисоров — через «о» во втором слоге, что отражает акающее произношение. В метрических книгах XIX века встречаются оба варианта для одной семьи. Сейчас форма Анисеров закрепилась как литературная, но её редкость (менее сотни носителей в современных базах) делает фамилию скорее локальной, чем распространённой.

Спорных версий здесь нет: корень ясен. Альтернативные объяснения — от слова «анис» или от тюркского «анис» (друг) — не выдерживают критики, так как суффикс -ер нехарактерен для русских прозвищ от нарицательных существительных. Всё упирается в каноническое имя, адаптированное народной этимологией.