Фамилия Анисе — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение неочевидно с первого взгляда. В отличие от большинства русских фамилий, она не имеет типичных суффиксов принадлежности (-ов, -ев, -ин), что сразу наводит на мысль о заимствовании или искусственном происхождении.

Наиболее вероятная версия — фамилия Анисе является русифицированной формой французской фамилии Anicet. Во Франции эта фамилия восходит к латинскому имени Anicetus, которое, в свою очередь, происходит от греческого «аникетос» — «непобедимый». В русском языке имя Аникей (калька с того же греческого корня) было известно по святцам, но в фамилию перешло именно через французское посредничество. Такое могло произойти в дворянской или купеческой среде в XVIII–XIX веках, когда в России была мода на галлицизмы и европейские фамилии.

Вторая, менее распространённая версия, связывает фамилию с белорусским или польским влиянием. В польском языке есть слово «anioł» (ангел), и фамилия Anioł или Aniołek могла трансформироваться в Анисе при переходе в русскую письменность. Однако фонетический разрыв между «анёл» и «анисе» велик, поэтому эта гипотеза уступает французской.

Географически фамилия Анисе встречается крайне редко. В основном её носители проживают в центральной России и на юге, но ни в одном регионе она не образует устойчивого гнезда. Это дополнительно подтверждает версию о единичном, возможно, дворянском корне: фамилия могла закрепиться за одной семьёй, переселившейся из Франции или получившей её при поступлении на русскую службу.

Словообразовательно фамилия стоит особняком: она не склоняется по падежам как типичная русская фамилия на -а, -я, но и не является типично иноязычной (как Шевченко или Дюма). Это делает её своеобразным маркером — носитель фамилии Анисе почти наверняка происходит из среды, где фамилию давали не по отцу, а по личному имени или прозвищу, зафиксированному в иностранном звучании.