Фамилия Анисе стоит особняком в русском ономастиконе. С первого взгляда бросается в глаза её нехарактерная форма: отсутствие типичных русских суффиксов принадлежности (-ов, -ев, -ин) сразу выдаёт в ней нечто иноязычное или искусственное. Это не склоняемая по падежам фамилия, что отличает её как от привычных русских моделей, так и от распространённых украинских или польских вариантов.

Наиболее убедительная версия происхождения — русифицированная форма французской фамилии Anicet. Во Франции она восходит к латинскому имени Anicetus, а то, в свою очередь, к греческому «аникетос» — «непобедимый». В русской традиции то же греческое имя дало форму Аникей, известную по святцам, но в фамилию оно перешло именно через французское посредничество. Такое заимствование было типично для дворянской или купеческой среды XVIII–XIX веков, когда в России царила мода на галлицизмы и европейские фамилии. Фамилия могла закрепиться за одной семьёй, переселившейся из Франции или получившей её при поступлении на русскую службу.

Вторая гипотеза — белорусское или польское влияние. В польском есть слово «anioł» (ангел), от которого образованы фамилии Anioł или Aniołek. Теоретически они могли трансформироваться в «Анисе» при переходе в русскую письменность. Однако фонетический разрыв между «анёл» и «анисе» слишком велик, поэтому эта версия заметно уступает французской.

География фамилии подтверждает версию о единичном корне. Анисе встречается крайне редко, в основном в центральной России и на юге, но ни в одном регионе не образует устойчивого гнезда. Такая разрозненность — дополнительный аргумент в пользу того, что фамилия не возникла из народного прозвища или отчества, а была принесена конкретным человеком или семьёй.

Словообразовательно Анисе — маркер нетипичной для России модели: фамилию давали не по отцу, а по личному имени или прозвищу, зафиксированному в иностранном звучании. Носитель такой фамилии почти наверняка происходит из среды, где европейские имена и обычаи были в ходу.