Фамилия Анисенин — не самая распространённая, но её происхождение прозрачно, если присмотреться к суффиксу. Она образована по модели, типичной для русских фамилий: основа плюс суффикс -ин. Здесь -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Анисенин, то есть сын, потомок или человек из семьи Анисени. А основа, в свою очередь, восходит к имени Анисеня — это просторечная, обиходная форма крестильного имени Анисий (церковное Онисий).

Имя Анисий имеет греческие корни и переводится как «полезный», «исполнение» или даже «равный во всём». В русской традиции оно давалось мальчикам, но в народе быстро обрастало уменьшительными вариантами: Анис, Анися, Анисеня. Последняя форма и стала основой для фамилии. Суффикс -еня характерен для северных и центральных говоров, где имена и прозвища нередко смягчали до такой «ласкательной» огласовки. В отличие от более частого суффикса -ев (как в Анисимов), вариант с -ин и окончанием на -енин встречается реже и выдает более локальное, возможно, деревенское происхождение.

Если говорить о социальном контексте, фамилия с суффиксом -ин в XVI–XVII веках чаще всего фиксировалась у крестьян и посадских людей, а не у дворян. Это значит, что предки носителей фамилии Анисенин, скорее всего, были вольными или крепостными крестьянами, чья фамилия закрепилась по отцу или деду, которого в округе знали под именем Анисеня. Встречается она преимущественно в центральных областях России, особенно в бывших Владимирской, Костромской и Нижегородской губерниях, где такие формы имён были в ходу.

Стоит отметить, что фамилию могли записать и как Анисенина, если речь о женском варианте, но в мужском роде окончание всегда твёрдое. В ономастических справочниках, например в работах Б. Унбегауна, подобные модели разбираются как примеры «патронимических фамилий на -ин от кратких форм имён». Никакой альтернативной версии — от названия растения анис — здесь нет: это ложное сближение, поскольку ударение в фамилии падает на третий слог (Анисенин), а не на второй, как было бы в случае с «анисовым» корнем.