Фамилия Анисенковы (в мужском варианте Анисенков) образована от имени собственного, но её словообразовательная модель не самая очевидная. Суффикс «-енков» указывает на то, что перед нами патроним — фамилия, которая закрепилась за потомками человека, носившего некое исходное имя или прозвище. В данном случае основа «Анисен» — это, скорее всего, притяжательное прилагательное от имени Аниса (Анися) или Анис, а суффикс «-ов» в конце добавился уже по стандартной модели русских фамилий.

Корень фамилии восходит к церковным именам. Самая вероятная версия — от имени Онисим (греч. «полезный»). В бытовой речи имя Онисим часто сокращалось до Анис — так называли в семье, не пользуясь полной формой. От этого прозвищного имени и образовали фамилию: сначала Анисенков — «сын Анисенка», где Анисенок — это «маленький Анис» или «потомок Аниса». Позже суффикс «-ок» перешёл в «-енк-» (характерно для южнорусских и белорусских говоров), и фамилия закрепилась в современном виде.

Есть и вторая гипотеза: основа могла пойти от имени Анисий (греч. «исполнение, завершение»), производная форма которого — Анис — тоже дала жизнь фамилии. Оба варианта правдоподобны, но первый — от Онисима — встречается в русской ономастике чаще, поскольку имя Онисим было более распространено среди крестьян и мещан, а Анисий оставался редким.

Фамилия Анисенков — не дворянская и не купеческая по происхождению. Она относится к поздним патронимическим фамилиям, которые массово закреплялись за крестьянами после отмены крепостного права. В переписных книгах и ревизских сказках XIX века её носители встречаются в центральных и южных губерниях России, особенно в Курской и Орловской — регионах, где были сильны акающие говоры (отсюда форма «Анис» вместо «Онис»). То есть предки Анисенковых — скорее всего, государственные или помещичьи крестьяне из чернозёмной полосы.

Фамилия Анисенков — не единичная в своём роде. У неё есть однокоренные «родственники»: Анисенко (украинский вариант с суффиксом «-енко»), Анисов, Аниськин. Все они происходят от того же корня, но различаются по региональной привязке и модели образования. Анисенковы же — это пример того, как церковное имя через разговорную форму и уменьшительный суффикс превратилось в фамилию, которая дошла до наших дней.