Фамилия Анищенков — это типичный пример того, как крестильное имя, пройдя через горнило народных говоров, превратилось в устойчивую родовую фамилию. В её основе лежит имя Онисим (церковная форма Анисим), что в переводе с греческого означает «полезный». Однако есть и другая, близкая версия: самостоятельное имя Анисий, значение которого — «исполнение» или «завершение». Оба имени восходят к одной греческой традиции, и в быту их часто путали, что и породило общую фамильную основу.

Ключевую роль в написании «Анищенков» сыграла фонетика. В «акающих» говорах, распространённых в центральной и южной частях Руси, безударный «о» в начале слова превратился в «а». Так «Онисим» стал «Анисимом», а производные формы — «Анищенко» и «Анищенков». Суффикс «-енк-» в основе — характерный украинский или южнорусский патронимический элемент, который в сочетании с великорусским суффиксом «-ов» даёт редкую двойную модель: сначала от имени образовали прозвище или полуфамилию Анищенко («маленький Анисим» или «сын Анисима»), а затем, при переносе на северные территории или при оформлении официальных документов, добавили «-ов», закрепив фамилию в привычном для русского уха виде.

С христианской точки зрения, имя Онисим — это имя беглого раба, обращённого апостолом Павлом и упомянутого в Послании к Филимону. Память этого святого приходится на 28 февраля (15 февраля по старому стилю). На Руси давая ребёнку имя святого, надеялись, что он проживёт светлую жизнь и с лёгкостью преодолеет трудности, поэтому имя было достаточно популярным в крестьянской и мещанской среде.

Фамилия Анищенков — сравнительно редкий вариант. Гораздо чаще встречаются однокоренные Анищенко (без «-ов»), Анисимов, Аниськин или Онищенко. Форма с суффиксом «-ков» указывает на то, что предки носителей фамилии, вероятно, жили на территории, где пересекались украинская и русская ономастические традиции — например, на Слобожанщине, в Курской или Воронежской губерниях. Точное место и время возникновения фамилии определить сложно: процесс её становления был долгим, и окончательно она закрепилась, скорее всего, в XVII–XVIII веках, когда крестьян начали массово вносить в ревизские сказки.