Фамилия Анищенко — один из ярких примеров украинской модели фамилий на -енко, которая буквально означает «сын» или «потомок». В основе лежит крестильное имя Анисий (в просторечии — Онисим). Греческое имя Онисим переводится как «полезный», а Анисий — «исполнение, завершение». В украинской и южнорусской среде эти два имени часто смешивались, а под влиянием «акающих» говоров начальный «о» превратился в «а». Так Онисим стал Анисимом, а затем и Анисием.

Если разбирать словообразовательную модель, то суффикс -енко указывает на происхождение: Анищенко — это «сын Анисия». Интересно, что в украинской ономастике фамилии на -енко массово закрепились в XVII–XVIII веках, особенно в среде казачества и крестьянства Левобережной Украины. Поэтому предки Анищенко, скорее всего, были запорожскими казаками или свободными земледельцами, а не дворянами.

Стоит обратить внимание на чередование согласных в корне: от имени Анисий (Анис-) при добавлении суффикса -енко закономерно появляется «щ» (Анис → Анищ → Анищенко). Это типично для украинской фонетики, где звук [с] перед суффиксальным [ч] переходит в [шч]. Такая же модель работает в фамилиях Грищенко (от Григорий) или Тищенко (от Тимофей).

Географически фамилия Анищенко наиболее частотна в Сумской, Полтавской и Черниговской областях Украины, а также в приграничных регионах России — Белгородской и Курской областях. Встречается и вариант Онищенко, который сохранил исходный гласный «о» — он характерен для говоров, не знавших аканья.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые указывали на принадлежность помещику или отцу (Иванов — сын Ивана), украинские фамилии на -енко подчеркивали родовое происхождение без привязки к социальному статусу. Поэтому Анищенко мог носить как крестьянин, так и казак, но почти никогда — представитель высшей аристократии.