Фамилия Анисенко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Онисим. Мужское крестильное имя Онисим в переводе с греческого означает «полезный». В основу фамилии легла производная форма имени — Анис. Согласно другой гипотезе, фамилия Анисенко образована от производной формы мужского крестильного имени Анисий («исполнение, завершение») - Анис. Поэтому Анисенко буквально понималось как «сын Аниса».