Фамилия Анисин — одна из тех, что образована напрямую от крестильного имени, и разобраться в её происхождении помогает знание диалектов. В основе лежит имя Анисий. Это не самостоятельная древняя форма, а фонетический вариант канонического имени Онисим, который закрепился под влиянием «акающих» говоров: там, где в безударном положении «о» звучит как «а», Онисим превратился в Анисима, а краткая форма дала Анисия. Само греческое имя Онисим (Ὀνήσιμος) означает «полезный», но в русской традиции у имени Анисий постепенно развилось и отдельное осмысление — «исполнение, завершение», что связано с народной этимологией и переосмыслением созвучных слов.

Модель образования фамилии проста и типична для восточнославянской ономастики: суффикс -ин указывает на принадлежность. Анисин — это буквально «чей?» — сын, потомок Анисия. Такая форма характерна для фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. Анисин, как и Иванов, Петров, — патроним, застывший в родительном падеже.

Анализ фамилии не позволяет уверенно привязать её к конкретному сословию. Форма на -ин встречается и у крестьян, и у мещан, и у дворян, хотя в последнем случае чаще использовались фамилии на -ов/-ев. Скорее всего, предки носителей фамилии Анисин были крестьянами или посадскими людьми из регионов, где господствовало аканье — это центральные и южнорусские земли, в первую очередь бассейн Оки и верховья Дона.

Точное время возникновения фамилии назвать сложно: процесс её закрепления шёл в XV–XVII веках, но документальные подтверждения по конкретной ветви Анисиных могут относиться к разным эпохам. Важно и то, что фамилия не единична: существуют однокоренные Анисимов, Анисьин, Анисичкин — все они восходят к тому же имени Анисий (или Анисим). Анисин отличается от них более краткой, «усечённой» формой основы, что делает её менее распространённой, но более лаконичной.