Фамилия Анисин образована от крестильного имени Анисий — фонетического варианта имени Онисим, возникшего под влиянием «акающих» говоров. Изначально греческое имя Онисим означало «полезный», но со временем форма Анисий закрепилась как самостоятельное имя со значением «исполнение, завершение». Так потомок человека по имени Анисий получил фамилию Анисин.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Анисин буквально означает «сын Анисия» или «из рода Анисия». Это типичная модель русских фамилий, образованных от полных форм крестильных имён. В отличие, например, от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются у носителей с основами на твёрдый согласный, суффикс -ин характерен для основ на -а/-я и мягкий согласный, что и дало форму Анисин.

Фамилия сравнительно редкая. Её география связана с регионами, где исторически было распространено «аканье» — центральные и южные области России. В северных и сибирских говорах, где «окали», имя могло сохраниться в форме Онисимов или Онисин. Поэтому Анисин — это не просто вариант, а маркер диалектной среды, в которой жили предки носителя.

Если рассматривать альтернативные версии, иногда фамилию пытаются связать с нарицательным «анис» (растение), но это маловероятно: прозвища от названий растений обычно давали по внешнему сходству или ремеслу, а суффикс -ин в таких случаях образует фамилии от прозвищ на -а/-я (например, Анискин от Аниска). Для прямого заимствования из ботанической лексики ожидалась бы форма Анисов. Так что церковное имя остаётся наиболее надёжным объяснением.

В быту фамилию могли записывать по-разному: Анисин, Анисьин, Онисин — в зависимости от грамотности писаря и местных произносительных норм. В современных документах закрепился вариант Анисин, но в дореволюционных метрических книгах нередко встречается написание через «ять» в корне, что отражает старое произношение.

Среди носителей фамилии нет широко известных исторических личностей, но это не делает её менее интересной для этимолога: Анисин — чистый пример того, как живой разговорный язык и церковная традиция сплелись в одной фамилии, сохранив память о диалекте и имени предка.