Основой фамилии Анисин послужило церковное имя Анисий. Анисий — это фонетический вариант крестильного мужского имени Онисим, появившийся в результате влияния «акающих» говоров. Само же имя имеет греческое происхождение и переводится на русский язык как "полезный". С течением времени имя Анисий стало употребляться как самостоятельное со значением "исполнение, завершение". Таким образом, потомок человека, обладающего именем Анисий, со временем получил фамилию Анисин.